Un tel arbre phylogénétique est construit sur base des différences dans la séquence du génome des différentes espèces. En utilisant différents modèles de substitution de séquences (mutations), il est possible d’estimer à quel moment, au cours du temps, les différentes espèces sont apparues. De plus, afin d’affiner cette calibration de l’arbre phylogénétique en fonction du temps, des données fossiles ont également été utilisées. Les fossiles peuvent être aisément datés en fonction du gisement dans lequel ils ont été découverts. En comparant les espèces fossiles aux actuelles, on peut assigner les différents fossiles à des nœuds particuliers dans l’arbre phylogénétique et ainsi les dater.

L’analyse de l’arbre montre que l’origine des Pomacentridae date du début de l’Eocène et la diversification continue jusqu’au Pléistocène. Les lignées des cinq sous-clades majeurs ont commencé à se diversifier entre 50 et 25 millions d’années.

Sur base de ces arbres phylogénétiques, des approches statistiques permettent d’estimer la vitesse de diversification (ou cladogenèse). Dans l’étude de Bruno Frédérich, les modèles où la vitesse diminue avec le temps ne cadraient pas avec les données recueillies pour les Pomacentridae. La vitesse de diversification de cette famille ne correspondait donc pas aux modèles de radiation adaptative unique avec un pic précoce (« early-burst ») dans la diversification des espèces, où la vitesse de cette dernière devrait diminuer au cours du temps. On observe plutôt un taux relativement constant de cladogenèse au cours du temps. Seul le genre Amphiprion, notre célèbre poisson clown, s’est diversifié plus rapidement que les autres membres de la famille des demoiselles. Probablement en raison de la symbiose qu’il forme avec des anémones de mer et qui lui ont permis la coloniser. Cette adaptation a donc pu stimuler leur spéciation.